Auch die kommenden Jahre prägte Dan Slott die Spider-Man Serie weiter, mit Storyline wie Spider-Island, Big Time und dem Ende der zweiten Amazing Spider-Man Serie mit der Jubiläumsausgabe #700 und der Story in der Dr. Octopus den Körper von Peter Parker übernahm.
Ende 2003 wurde die zweite The Amazing Spider-Man Serie auf die alte Nummerierung zurück gesetzt. Dazu zählte man die #441 Ausgaben der ersten Serie mit den bisherigen #58 Ausgaben der zweiten Serie zusammen. Pünktlich zum 40 Jubiläum kehrt Spider-Man zur alten Nummerierung zurück.
Geprägt waren die kommenden Ausgaben von J.M. Straczynski's Run, dem Civil War und der Enthüllung von Spider-Mans Geheimidentität, der Story One More Day die alles veränderte.
Im Anschluß übernahm Dan Slott die Serie Amazing Spider-Man, die er mehr als 10 Jahre prägt bis Amazing Spider-Man (2015) #800